Не ми е известно изобщо да е разглеждано трасе през Ботевград преди началото на строителството по дефилето. Дори по онова време, дефилето е било много населен район и е имало много по-голяма нужда от железница, отколкото Ботевград, където линията би минавала през нищото.
Най-съществените промени по трасето на 2-ра линия са тези при удвояването, когато в едни поне стотина километра е построена изцяло нова линия, а старата е изоставена.
Преди това има само две по-малки промени - вариантите около тунели 12 и 23. Тази около №12 е построена още в самото начало, след като сводът на тунела поддава и започва да се деформира и срутва, а около №23 е построена при електрификацията, за да не се разширява тесният и необлицован тунел.
