Черните станции са трансферни.
Синята линия:Централна гара;
нова станция под моста (евентуална връзка (?) с МС5-II);
гара Надежда;
гара Бакърена фабрика (забравил съм я на схемата
);
гара Обеля;
нова станция след моста на Какач в Обеля;
гара Волуяк;
нова станция на пресечката на бул. Сливница с ж.п. трасето в Божурище;
нова станция на края на новопланираното разширение на Божурище;
нова станция на бул. Стефан Стамболов и ул. В. Петлешков;
нова станция на бул. Стефан Стамболов и бул. Иванянско шосе;
нова станция на бул. Цар освободител и бул. София;
гара Банкя;
Жълта линия:нова станция на ул. Теменуга в Нови Искър;
нова станция на прелеза на ж.п. линията и ул. Чавдар войвода в Нови Искър;
гара Нови Искър;
нова станция на ул. Хаджи Димитър и ул. Светлина в Нови Искър;
нова станция на петролна база OMV;
нова станция на кръстовището със Северната тангента;
гара Илиенци;
нова станция под ж.п. моста до базар Илиенци;
нова станция на ул. Искърско шосе и новия прелез;
гара София-север;
нова станция под надлезът на ул. 202 до трамвайното трасе;
Централна гара (пенделна маневра);
нова станция под моста (евентуална връзка (?) с МС5-II);
нова станция на ул. Куманово и ул Н. Михайловски;
гара Захарна фабрика;
спирка Вардар;
нова станция на прелеза на ъл. Суходолска с ж.п. трасето;
нова станция на прелеза на бул. Монтевидео с ж.п. трасето;
нова станция на прелеза на Околръстно шосе в ж.п. трасето;
гара Горна баня;
нова станция на ул. Миле Попйорданов;
нова станция на ул. Поточе и ул. Божен;
нова станция на ул. 684;
нова станция на границата на регулацията на новопланирано разширение на кв, Княжево;
нова станция до разклона на ул. Войнишко възстание - Владая;
гара Владая;
нова станция на разклона на път 1 за северните махали на Драгичево;
гара Драгичево;
гара Метал-снаб;
гара Перник-разпределителна;
гара Перник;
гара Кракра;
Зелена линия:Централна гара;
нова станция под моста (евентуална връзка (?) с МС5-II);
гара Обеля;
гара Волуяк;
нова станция на края на новопланираното разширение на Волуяк;
нова станция на пресечката на ж.п. линията със Северната тангента;
нова станция в индустриалният комплекс преди Костинброд;
гара Костинброд;
нова станция на края на урбанизираната територия на Костинброд;
нова станция;
нова станция на прелеза на път Петърч-бул. Сливница и ж.п. трасето;
нова станция на прелеза на път Е80 с ж.п. трасето;
гара Сливница;
нова станция на прелеза на път 8112 и ж.п. трасето;